我國資本市場起步晚、發展快，多層次資本市場體系已初具規模，但總體上還處在新興加轉軌的階段，市場化程度有待提高。一個好的資本市場應在有效匹配資金供需、促進科技創新和產業轉型以及提高經濟、金融的國際競爭力方面發揮重要作用。為此，必須處理好政府與市場的關系，用好“兩只手”。具體來說，凡是市場能夠通過價值規律自發調節、發揮功能的都交由市場來做；政府應用好有限的監管資源，圍繞建設公開透明的市場秩序、保護投資者合法權益、防范化解金融市場風險、強化事中事后查處等發揮作用。對于政府監管部門來說，推動資本市場健康發展應著力處理好以下幾個關系。
簡政放權與加強監管的關系。簡政放權可以激發市場活力，該放的要放、該簡的要簡。對于以監管為主要職責的政府監管部門來說，如何處理好簡政放權與加強監管的關系是必須認真研究的問題。對此，習近平同志給出了科學解答：“政府的職責是維護公開、公平、公正的市場秩序，保護投資者特別是中小投資者的合法權益，促進股市長期穩定發展，防止發生大面積恐慌。”因此，政府監管部門應把監管重心轉移到依法監管上，通過對市場事中尤其是事后監管，讓市場各方將規范意識和守法意識的弦繃緊，始終做到紅線不越、底線不逾。
促進發展和強化規范的關系。大力發展多層次資本市場、服務實體經濟的發展需要，是政府監管部門的重要任務。通過全面深化改革革除市場體制機制弊端，創新機制、產品和服務，促進市場持續健康發展，是資本市場改革發展的重要目標。但發展應以規范為基礎，不能忽視規范、沒有規矩。不合規范的發展不僅是沒有質量的發展，而且是有害市場健康的發展。各種違背公開公平公正原則、破壞市場秩序、損害投資者特別是中小投資者利益的行為，顯然與資本市場發展的目的背道而馳，必須嚴格監管、嚴厲打擊，以保證資本市場持續健康發展。
遵循市場規律和適度必要干預的關系。市場發展有其自身規律，政府的不當干預會扭曲市場功能的發揮，干擾市場機制的有效運行，壓抑市場主體創新發展的積極性和活力。因此，一般情況下政府不應干預市場。習近平同志指出：“股市漲跌有其自身的運行規律，一般情況下政府不干預。”然而，由于市場存在信息不對稱、外部性和不正當競爭等情況，當市場自身有效性不能正常發揮時，政府就有必要適當干預。尤其是在市場無法自我調節，出現機制障礙不能恢復自身功能，比如市場出現異常波動可能引發區域性甚至系統性金融風險時，政府就必須出手，履行職責，積極適度干預，幫助市場矯正失序行為，防范金融風險發生，防止市場出現嚴重動蕩甚至崩潰。